首先，政治经济学研究经济制度的历史运动规律，特别是马克思的政治经济学是以（资本主义）生产关系的产生、发展和灭亡的规律为对象，只要存在社会生产关系及其历史运动，就需要开展政治经济学的研究。中国特色社会主义以发展为第一要务，而社会的发展归根结底是社会生产力的发展，社会生产力的发展又是在一定社会生产关系中进行，因此，生产力与生产关系的矛盾运动，以及通过改革完善社会主义生产关系与社会生产力解放和发展之间的能动关系，便成为发展中国特色社会主义的主线，必须加以深入研究。
其次，政治经济学研究人与人的生产关系，根本目的是要论证特定的生产方式产生的历史必然及其发展和灭亡的历史趋势，是要证明或否定一定社会生产方式的合理性（或不合理性）。社会主义制度正处在探索、创新、发展的历史进程中，如何发展、创新、完善这一社会制度？这一制度在人类历史上取代资本主义制度的历史必然性究竟是否存在？中国特色社会主义制度前途何在？这些命题还在探索中，需要政治经济学者做出科学的回答。
第三，中国特色社会主义经济制度建设的核心在于，在公有制为主体（多种所有制经济长期共同发展）的基本制度基础上，建立市场经济机制，使市场机制在资源配置中起决定性作用。如何统一公有制与市场机制？这是中国特色社会主义经济制度建设面临的根本问题，也是对中国特色社会主义进行政治经济学研究需要回答的根本问题。
第四，政治经济学作为研究生产关系、回答社会制度的历史正义性的社会科学，其所要解答的问题是别的学科所不能替代的。如，政治经济学是重科学主义，还是更重人文关怀？政治经济学是重价值取向上的阶级属性，还是更重其解析能力上的逻辑性？政治经济学的分析是重思想内容的深邃性，还是更重表达形式的完美性？等等。
