一直以来，汉代学术中最重要的一大问题，就是今古文经学的分歧和斗争问题。这个问题过去钱穆论过（《两汉今古学评议》），金德建也研究过（《两汉今古学考》），都以为只是由于文字分歧而导致的学派门户之争。殊不知，这场纷纭两汉数百年的思想斗争，其实质仍然是政治的斗争。
战国时期子夏荀子一派儒者援儒入法。其实，李悝、商鞅、吴起、韩非、李斯这几位战国最著名的法家政治家，都是出自子夏或荀子的门下。这一派援儒入法外儒内法的儒学，是战国后期直接与政治接轨的显学。李斯秦始皇焚书坑儒，也并未废荀子之学。
然而文革中江青批儒扬法，当时一代历史学家中，竟然没有一个人指出战国法家实际皆出自孔子的儒门，包括郭沫若冯友兰这样的大家，也都跟着瞎批一气，够荒唐的。（台湾钱穆三十年代写的《先秦诸子年表》中，对儒法相交的这一谱系有所注意，但也考索不深。）
秦汉之际子夏荀学一脉的传人有一家公羊氏父子，他们父子就是后来董仲舒、公孙弘的师公。其实汉武帝所推崇的儒学，并不是曾子、子思、孟子一派的人格主义学说，而是子夏、荀子、公羊高、贾谊、晁错、董仲舒一派为政治服务的国家主义儒学，外儒内法的儒学。其著作，都用当时通行的隶书文字书写、传述，因此又称"今文儒学"。
但是汉武帝一朝是一个大变革的时代，政策辩论激烈，意识形态斗争也异常激烈。当时不仅有汉初曾居主流的黄老学派，反对汉武帝董仲舒所提倡的这种新儒学；而且还有刘姓贵族亲王们积极扶持的另一种弘扬周礼和周公之道的古文儒学兴起。
古文学派宣称，他们找到了秦始皇时代由于焚书坑儒，而被学者暗藏在墙壁里的古经书。这些经文都用上古蝌蚪文（甲骨文、金文、篆文等）书写。他们说，这些古经不仅比朝廷所奉行的今文经典更正确，而且其中涵有更多的微言大义和致太平的道理。因此，应当以这些古文经典作为治理天下的大法，而废弃那些旁门左道的今文经书。
如果简括言之，除了书写文字的不同，今文经与古文经义最主要的区别，第一是古文派用周公以及周礼的儒道之祖，来贬低孔子子夏荀子的后儒。第二是用《周礼》中的分封制来反对孔子的大同和大一统学说。这就是今古文经学在当时政治上分歧的实质。
然而汉武帝要独尊儒术，他所尊的并不是愈古愈好的古法，而是子夏荀子一派鼓吹大一统、尊王和攘夷，为他削弱诸侯、加强帝权，攻击匈奴提供理论根据，从而能够古为今用的儒学。
当时对武帝的这些政策大为不满意的一些诸侯王，如河间王刘德等，竟然不识时务地也不管是真的、假的，收集了一大批古书，来进献给朝廷，要求汉武帝取法。
其中最重要的一部书，就是主张实行分封制的《周礼》。刘德等的意思似乎是：你刘彻不是依托于孔子的经义而变先帝之法吗？好，我刘德就献给你更有资格的古书，比孔子还老，是周公写的；书里讲的是封建大法、分封制度，资源权力应该让王者与贵族共享。
刘德是武帝刘彻的异母兄弟，刘彻奈何他不得。但这种做法也把刘彻气得不行，于是他对刘德说：“不错，原来你要学周公、文王！好！你努力！周文王靠600里土地最终得了天下，你今日的封地可不只六百里，你好好努力！”这话暗含了对刘德的严重警告——你是不是有野心要篡位啊？！结果把刘德吓了一跳，献书回国后不久就病死了。他死后，汉武帝赏赐他一个谥号——河间“献”王，其实是在讽刺他。
因此在汉武帝时代，古文学派只是在分封的各诸侯国中流行，中央则不予承认，也不感兴趣。终武帝一代古文学派一直备受压制，抬不起头来。武帝把各地送来的古文经也一概束之高阁。
到后来西汉末的王莽时代，因为王莽也要改变汉制，取代汉统而别立新统，于是通过刘歆，而使古文的《周礼》之学得以复活翻身。后来在东汉时代，古文学派开始在贵族中流传，并且不断试图与今文学派争夺成为主流和正统的地位。于是今古学派之争愈演愈烈。东汉末马融郑玄开始调和今古学派。三国人物中，刘备属于马郑弟子，但曹操的思想则是外儒内法，接近今文学派。
自汉武帝独尊儒学以来，政治权力的纷争、魏晋的兴亡递嬗，事实上是儒家豪族与非儒家寒门的胜败问题。
高门的出现和成为统治阶层，并非一朝一夕的事，而是始于东汉末年品评清议的风气和九品中正制，根深柢固。
东汉儒家豪族兴起，遵行君臣、父子之道，其学为儒家之学，其行必须符合儒家的道德标准，所谓孝友礼法。而修身治家的道德方法，亦适用于治国平天下。名教之大者 莫若 君臣，孝于亲才 能终于 君。当这种看法被采用于人材的甄选上，便成征辟制度，能否入仕全看豪族依名教标准来举荐，变为豪族间的游戏，把非儒家寒门完全排斥于外。当这种选任方武发展至极端，便成晋室的九品中正制，高门与寒门的阻隔对立愈演愈烈，矛盾丛生。
曹操出身非儒教寒族，本身识见过人，深明必须摧毁儒家高门豪族的重要性，所以求人惟才，认为有德者未必有才，打破汉代征辟制度的儒教标准。
可是寒门和高门的斗争只是开始，出身豪族的司马懿于曹操死后，乘曹氏子孙孱弱昏庸的时候，夺去曹氏手上的皇权，尽复东汉时代儒家高门大族阶级统治全盛之局。
曹操对打击高门是不遗余力的，所以司马懿的篡魏得到高门豪族支持，寒门被进一步压制在不公平的九品中正制之下。
司马懿父子当权，反对曹操的一套，就扶植王肃所代表的古文学派，压抑儒表法里的今文学派。当时要当官必须熟悉古文经义。于是，同情曹氏政权的知识分子们，就不再谈儒学，也不愿出来做官，而扭头玩山水，当隐逸，谈玄学去了。
自东汉末年天下大乱，士大夫既不满现实社会，偏又无能改变，更看破人世间种种丑恶诸事，矛盾就是这般形成的。至晋偏安江左，屡次北伐均无功而回，国业已到令人绝望的地步，只能够从精神上找寻出路，在心灵上或行为上希冀得到自由和解脱。清谈便是循老庄和佛门的思想找到归宿，离开残酷的现实，藉谈论各自领悟来的观点，剖析妙理，以寄托精神。
清谈又叫玄谈，因为清谈离不开‘三玄’。 ‘三玄’就是《老子》、《庄子》和《周易》，合称‘三玄’。这种风气始于曹魏正始年间，以朝中名士何晏、王弼为首，人称‘正始玄风’。其实这是十人对传统儒家经学的一个反动，因厌倦了传统僵化了的道德观和礼教的束缚，改而仰慕老庄一切任乎自然的思想，于是由此玄虚的言论，进而对放诞的行为也不以为非，最重要是品高心洁，至于能否救国济民，再不是他们关心的事。
（毛泽东所代表的革命风尚，其实是夹杂了儒法二学，由于对人性过于约束，在改革后即被抛弃。但是改革走到了另一个极端）
清谈风气的形成，令魏晋公卿，虽负国家重任，但只知空谈玄理，不顾实务，志气消沉，竞尚老庄的虚无，又纵情物欲，饮酒服药，生活败坏颓废。兵权因而旁落在他们这些寒门将帅手上。
清谈并不止是一场讨论辨正、谈玄说理那般简单，而是一种处世的态度和生活方武，且是一种奢靡、肆意妄为至极点的风尚，对礼教约束的反动变为矫枉过正，致放诞不羁、腐败透顶、节操堕落，令大晋政权走上穷途末路、苟延残喘的困境。
这种不公平的情况是难以持久的，高门大族本身的腐化更带来诸胡入侵的大祸，晋室已到了日落西山的阶段，高门大族的代表人物桓玄、司马道子之辈均是崇奉奢华、腐恶不堪，南方军民均期待新气象的出现。
儒教之外的中国另一本土宗教——道教的出现，也非偶然，而是孕生于江东本地世族和南来荒伧的不满情绪。江东世族备受南来大族的压迫和剥削，经过多次仕断，已变成南方的低下寒门，对南来的政权和世族自是仇恨极深，时思反噬。部分北方望族，却因过江稍晚，没能在江左政权分上一杯羹，沦为寒门，不论其往者是否望族，一律被视为荒伧寒士。两股不满江左政权的势力结合，加上道教的异端，便成为同样备受压迫的三吴士庶信仰的天师道。
其次则是佛教。南晋之主司马曜和亲弟司马道子兄弟二人督信佛教，所建佛寺穷奢极侈，所亲呢者多是男女僧徒。
因君主的推崇，出家僧侣享有许多特权，在某种程度上等若高门大族外另一特权阶级，不但不用服兵役，又可逃避课税。寺院可拥有僧户，为其耕田种菜；更有佛图户担负各种杂役。至于甚么白徒、养女，都是为高层的僧侣拥有奴婢而巧立的名目。还有更甚于高门大族者是沙门不须遵循俗家的规例，所谓一不拜父母，二不拜帝皇，此之谓也。
佛门愈趋兴盛，对国家的负担愈重，实为国家的一大隐忧。可是比起上来，都远不及新兴的弥勒教为祸的激烈深远。弥勒教是佛教的一种异端，认为释迦并不是唯一的佛，"释迦前有六佛，释迦继六佛而成道，处今宾劫，将来则有弥勒佛，方继释迦而降世。"又说"释迦正法住世五百年，象法一千年，末法一万年。"而现在是"正法既没，象教陵夷"，故释迦的时代已到了日薄西山之时，第八代弥勒即将应期出世。弥勒教为后世多次农民起义提供了思想武器。
唐代经唐太宗以后，规定儒学成为国教，古文经学注重统一经义逐渐占了上风。清初所谓汉学几乎是古文学派的一统天下。康熙皇帝提倡汉学复兴，结果又出了一批提倡复古主义的古文派经学者和文字学家，如戴、钱、段、王诸辈。什么是国学？国学的主干就是经学。由于汉代的古文经书都是用上古的文字书写，要想读得懂，就必须精通古文字学。所以汉代的古文派学者，也多是古文字专家，最著名的例如写《说文解字》的许慎。古文字学当时人称作“小学”，所以古文学派的副业就是研究“小学”。
直到魏源龚自珍康有为廖平，倡导经世致用应时变法，今文学派成为变法的思想武器。日本明治时代主张变法的学者也多是深受魏龚影响的今文学者。
康有三大名著：《孔子改制考》、《新学伪经考》、《大同书》。这三部书突破几千年传统思想的藩篱，在当时震动学界风靡天下。特别是康有为在书里振聋发聩地指出：孔子并不是一个保守派而是改革家，是一代政治领袖（“素王”）。前两部书成为戊戌维新变法的理论基础，据说是光绪皇帝的枕边书。
但后来戊戌变法失败，康失意。五四运动兴起以后，激进派呐喊鼓吹打倒孔家店，孔子被革命派塑造为一种彻底的保守反动形象，于是康的著作遂被沉埋百年。此外，近代蜀派学者廖平（康有为最初思想受廖影响）还有蒙文通两人的书，也有与康类似的主张，也大可研究。其实这三人的书，比死读书读死书陈陈相因恪守旧说的古文派（领军人物如钱穆）高明得多！
蒙文通博古通今，堪称是一代通人，比陈寅恪高明！
陈氏无知于经学。而不懂经学就不配谈论传统文化。因为传统学术，所谓“国学”，其主干就是经学。陈寅恪自己承认两汉三代以上书不敢观。其实他只是较熟悉于唐史的断代性史学家，不能言通人。而蒙文通则兼通经史，是近代少有的新派儒学大师，也是一位至今仍被沉埋的高人。但他的书多用古典文言，文字功夫很深，今日仍能读懂他的书的人，恐怕不多。
大体而言，古文经学有贵族主义的倾向，是保守的学说。而今文经学主张应世变法，是与时俱进的实用儒学。（风之谷leon07129@hotmail.com）