2009年10月23日，新语丝《新到资料》栏目发表了一篇方舟子精选的、署名“天涯不归人”的文章《“鸦片战争”是为鸦片而战争吗?》，公然阉割历史，避重就轻，声称英国发动第一次鸦片战争不是为了倾销鸦片、敲诈勒索和瓜分中国，而是中国人自找的，“若行蛮夷禽兽之行，人便以蛮夷禽兽待之。不能自重，枉要人重，岂非贻笑大方”，大言不惭为英国的殖民主义行径开脱，妄图洗白那场掠夺中国资源和财富的侵略战争。(见http://www.xys.org/xys/ebooks/others/history/modern/yapianzhanzheng.txt)。

　　10月25日，网友李晋闻在新语丝论坛上愤然写道：“在一个弱肉强食的世界，指责弱者吃相难看，因而活该被强者欺负，这是彻头彻尾的强盗逻辑”。难道当年的英国和日本等西方列国比中国强大，我们就必须接受被凌辱的命运?就不能拥有自己的民族尊严?李晋闻还引用约翰-福尔斯(John Fowles)《法国中尉的女人》一书的序言，抨击十九世纪的英国其实是一个极富侵略性的国家，不仅对外不讲自由，对内也毫无自由可谈。

　　看到李晋闻对《鸦片战争》一文的驳斥后，方舟子无视当年英国圈地运动下血腥的“羊吃人”历史，竟然跳出来为鸦片战争辩护，说“英国在19世纪是世界上最自由的国家之一，许多方面甚至比现在的中国都自由”。

　　李晋闻答复道：“就算英国很自由民主，但是，至少英国人没有请中国人分享他们的自由民主。日不落帝国也没有请印度人和非洲人分享自由民主。甚至没有请流落到美洲的盎格鲁萨克逊人分享，否则也不会有美国的独立。”

　　方舟子说：“笑话，凭什么人家要来跟你分享他们的自由民主?”

　　李晋闻说：“我有要求人家来分享他们的自由民主吗?我只是指出一个事实：日不落帝国当时是在侵略和奴役各国人民，他们来中国不是来请中国人分享他们的自由民主，而是来掠夺。”

　　方舟子接着说：“在你的字典里就只有丑化和美化，没有事实吗?”，俨然英国发动鸦片战争，强行通过贩卖鸦片掠夺中国的财富和土地，一切都是天经地义的。

　　李晋闻答复道：“当然有事实。十九世纪英国向中国走私鸦片，掠夺中国财富，是事实。日不落帝国奴役各国人民也是事实。”

　　方舟子竟然说：“那叫论断，不叫事实。受迫害妄想者往往把论断当成了事实”，赤裸裸地否认英国的殖民主义行径和那场严重危害中国主权的侵略战争。(见http://www.xys.org/forum/db/5/202/206.html)。

　　对此，有网友评论到：“列强欺负到我们头上了，还闹个他们有理，你的嘴长歪歪了吧。什么狗屁的‘天涯不归人’和方舟子，你们不是西方列强的后裔，就有可能是汉奸的后人。” 还有网友评论说：“欲灭其国，先灭其史。新语丝不是曾抨击我国的‘四大发明’纯属无稽之谈吗?这些汉奸们不敢侮辱西方主子，他们只是一条狗。”

　　方舟子不仅在关键的历史问题上混淆是非，而且在历次重大的中美冲突中，均为美国开脱。1999年5月，中国驻南联盟大使馆遭美国导弹袭击，三名新华社记者无辜丧生，方舟子居然信誓旦旦地认定美国不会故意轰炸中国大使馆，而且说，“大使馆通常都是间谍结构”，言下之意就是中国使馆活该被炸，那三名与方舟子妻刘菊花同单位的记者都该死。2001年4月，美国侦察机在南海撞击我国军用飞机，飞行员王伟牺牲，最后美机迫降我国机场，方舟子竟然不惜篡改国际法，指责中国扣押美国军人违反国际法，说“中国应该立即归还美国飞行人员”，“根据国际法，军政人员在为国家工作时享有豁免权”，无视外交豁免权仅适用于执行正常公务的外交人员，而不适用于非法进入别国领土的军事人员。(非法进入别国的军事人员是侵略者，被抓后应为俘虏。)

　　汉奸，意为投靠外国侵略者，甘心受其驱使，或引诱外国入侵中国，出卖祖国利益的人。方舟子手持美国绿卡，自愿投靠西方列强，不仅试图通过诋毁中华文明和篡改中国历史的手段分裂中华民族，而且总是披着科学的外衣到处宣扬伪科学，肆意迫害有贡献的科学家和知识分子，在网络上使用文革式手法恣意蹂躏我优秀同胞。对中国人民有益的，方舟子就反对(如中医中药);对中国人民有害的，方舟子便支持(如转基因产品)。一旦真面目被揭穿，方舟子就撒泼，发出“大不了离开这个国家”和“这个国家不配有我女儿”的哀鸣，或破口大骂我全体中华儿女为骗子，对祖国和人民没有丝毫感情，彻底暴露出其根深蒂固的西方殖民主义者意识形态以及“漂白黄种人”的傲慢和偏见，毁我中华的狼子野心昭然若揭。

　　然而，令人不解的是，方舟子这样一个大言不惭为英殖民主义行径开脱、否认乃至美化鸦片战争的败类，竟还被某些媒体肉麻地吹捧为因“道义”在身而有许多“敌人”的“斗士”。