税收是现代国家财政收入的主要来源，良好的税制一方面能够增加国家的财政收入，另一方面也能成为促进经济增长的推动力量。新中国的新税制在总结老解放区税制和清理旧中国税制的基础上得以建立，作为新中国财经工作的主要领导人，陈云推动了新中国税收的统一与调整。新中国成立前后，随着国内社会经济形势的发展变化，税收在国家财政收入中的比重日益增加。作为中财委主任，陈云看到了这种趋势并在工作中进行了安排。
1949年7月27日至8月15日，由陈云主持，在上海召开了有华东、华北、华中、东北、西北五个地区的财经部门领导参加的会议。陈云在会议上指出：“目前最要紧的有两件事：一是公粮要征得好，二是税收要整顿好。……我们应该逐渐增加税收的比重。”这充分体现了陈云对税收工作的重视。
新中国成立后，陈云更是大力推进新税制的建立。
1949年11月24日至12月10日，中央人民政府政务院财政经济委员会和财政部在北京召开第一届全国税务工作会议，会议提出简化税制、增加税收的方针，拟订了统一税政的《全国税政实施要则》，根据国家财政形势的需要，决定对全国各地税种、税则、税率迅速加以调整，以达到全国税政的统一。
12月8日，陈云在会议上指出：“我说只有一条路可走，即增加税收。这是最好的办法，不但解决了财政需要，而且在与农民的合理负担上需要这样做，同时税收可以经常回笼货币。因此，关于增加税收的提案，得到中央人民政府委员会的一致通过。一九五〇年度财政概算中，公粮收入占百分之四十点四，税收占百分之三十八点九，两项几乎接近平衡，其他企业利润收入，贸易收入，那是很少的。从这里可以看出一个问题，就是过去不被重视的税收收入，今天已提高到第二位，仅次于公粮收入，而且二者相差的距离很小，这是应当的。不但这样，我们还要求在一九五一年内二者取得平衡，并要税收超过公粮收入。”
他进一步指出：1950年度的财政概算中税收任务的完成，“不仅是一个财政任务与经济任务，而且是一个严重的政治任务。……各地党政机关必须切实加强对税收的领导来完成这一任务。今后应该把财政工作放在主要议事日程内，特别是税收”。
1950年5月2日，陈云为中财委起草的财经简报手稿
对于税制不统一的现状，1950年1月6日，陈云同薄一波在联名给毛泽东并中共中央的报告中就全国财税情况作了说明，并指出，全国财政上有以下几个问题需要继续决定：税收法令不统一，农业负担办法全国有30余种，征免范围、税率高低也各不相同，工商业税法是一个大城市一个样子；负担不平衡，农业税西北较重，工商税东南较轻；财务行政不统一，制度很不健全，收支无确数；开源节流已引起各级领导注意，但轻税思想和开支浪费现象仍很严重。这为实行进一步的财经工作的统一作了准备。
1950年1月30日，中央人民政府政务院发布《全国税政实施要则》。《要则》规定全国共设14个税种，即货物税、工商业税（包括营业税和所得税两个部分）、盐税、关税、薪给报酬所得税、存款利息所得税、印花税、遗产税、交易税、屠宰税、房产税、地产税、特种消费行为税和使用牌照税。
此外，还有各地自行征收的一些税种，如农业税、牧业税等。后来在具体执行中，对一些税种又作了一些调整。例如，将房产税和地产税合并为城市房地产税，将特种消费行为税并入文化娱乐税（新增）和营业税，增加契税和船舶吨税，试行商品流通税，农业税由全国人民代表大会常务委员会正式立法。薪给报酬所得税和遗产税始终没有开征。
3月1日，陈云在中央人民政府委员和全国政协常委座谈会上的报告中指出：“解放前，把税叫作苛捐杂税，税收人员被人看成‘灰腾腾’的。现在要改变这种思想，同时再派得力干部做税收工作。一个县里最重要的是那么两个人，一个是县长，一个是税务局长。”对税务干部工作的重要性予以强调。
此后国家加快了统一财经的节奏。1950年3月3日，政务院颁布了由陈云起草的《关于统一国家财政经济工作的决定》，指出：除批准征收的地方税〔68〕外，所有关税、盐税、货物税〔69〕、工商税〔70〕的一切收入，均归中央人民政府财政部统一调度使用。全国各大城市及各县如在2月底尚未建立国库者，统限于3月中建立好，并代理地方库业务。3月起所有税款逐日入库。离库较远之镇市，则由各地财政经济委员会规定时间按期入库，禁止延期缴库及挪借行为。税收是国家财政的主要收入之一，是全国财政开支、经济恢复所需现金的最大来源。为了完成征税工作，全国各大城市及各县的人民政府必须委任最好的干部担任税务局长。
陈云当时为《人民日报》就统一财经问题写的社论指出：“这些统一在今天已经必不可少。如果国家收入不作统一使用，如果国家支出不按统一制度并遵守节省原则，如果现有资金不加集中使用，则后果必然是浪费财力，加剧通货膨胀。”
1950年10月1日，陈云在《人民日报》上发表题为《过去一年财政和经济工作的状况》的文章。文章指出：“税收工作，更加缺少经验。1950年初所规定的税务章则，在统一税务方面是前进了一步，但有不少方面既不便于工商，也不利于国家收入，经过政府与工商界合力修改，才纳入正轨。”对于新中国成立一年来的税收工作作了初步总结。